Uspešna organska proizvodnja zahteva održavanje plodnosti zemljišta kao prioritet, umesto direktnog đubrenja gajenog useva. Preporučuje se godišnja agrohemijska analiza zemljišta u organskim voćnjacima, a na osnovu rezultata adekvatno đubrenje. U praksi se često koriste hraniva organskog porekla, posebno stajnjak.
